中国的传说年代，人与魔之争时，人类使用一把神兵利器－轩辕剑，屡败魔族，创世神认为人类与魔族无法共存，於是再从浑沌中创造新天地，将魔族移居到别的世界，从此结束了传说时代的战争，开始人类世界的历史。这些传说，随着时间逐渐被人遗忘；而神兵利器出世的传闻，却从不间断。
除了轩辕剑，还有创世神开天辟地使用的神器炼妖壶，在上古英雄的手中辗转流传，在这些古人的庇佑下，中国到了文化鼎盛的时代——唐朝。
唐朝的太平盛世景象，从举世闻名的丝路，传到世界各大文明国度中，许多商人都在世界各地，讲着关於他们在丝路旅行的故事。文化、文明因此频繁的交流着。本来，这个时代应该是不需要再有新的神话故事，但是，神话时代就存在的轩辕剑，却又有新的传奇在人间流传出来。
轩辕剑三这次的故事，要从中国以外的地区，一个传奇人物身上开始说起……
公元8世纪的欧洲正处于动荡的黑暗时代，暴乱、劫掠和战争是这个时代的象征，游戏的主人公赛特就生活在这个年代。赛特是有着东方血统的混血儿，出生就携带着一件具有神秘力量的中国瓷器–“炼妖壶”。为了平息欧洲的战乱，他决心前往遥远的东方寻求战争必胜的方法。然而魔界的首领撒旦却妄图利用赛特的力量统一世界，于是维护魔、天、人三界和平的重任落在赛特肩上，他将横跨欧亚大陆，纵横数千公里，最后在轩辕剑的帮助下完成他的神圣使命！