游戏的背景设定在18世纪的巴黎，法国大革命时期。
于游戏背景400年前的1307年，圣书和圣剑被刺客盗取。七年后，克莱门教皇以及法国国王菲利普经过审讯后决定将雅克·德·莫莱和一名圣殿骑士团成员被束缚在火架台上进行火刑处死。
此后，一名叫作主教的女子入侵了玩家的视像通信，她连同一名叫作迪肯的人力劝“玩家”加入到刺客组织，主教告诉玩家其实Abstergo公司一直在利用像“玩家”这样有着刺客血统的人，他们正在挟持“玩家”的神经元，透过遗传因子的记忆帮助他们攫取历史数据。Abstergo这种大财团，他们控制了许多相关企业、政府机构、媒体业界还有非政府组织，为的就是要掌控历史。
刺客组织需要玩家，然后主教强行对“玩家”载入基因序列AD16-B13-187，她还告诉“玩家”，上周他们取得了Abstergo helix尚未定序的记忆资料库，她可以向玩家提供小部分样本，让“玩家”明白到对抗Abstergo的意义
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