游戏承袭《阿加雷斯特战记》的基本构成，除了传统的角色扮演与战斗部分之外，并可透过选择伴侣共结连理来繁衍后代的“灵魂续生”系统，让光明势力得以世代交替生生不息。战斗系统部分同样承袭前作的“延伸回合战斗”系统，让玩家在战略模拟风格的方格地图上指挥我方小队与黑暗势力的敌人战斗，还可以连合多个单位施展联手攻击。
《阿加雷斯特战记Zero》中还加入了新的“自由行动”与“好感度”系统，让玩家在任务与任务间可以自由探索城镇，与队伍中的伙伴以及形形色色可以成为人生伴侣的女主角们互动，培养感情提升好感度，体验各式各样的事件。
PC版的《阿加雷斯特战记Zero》同时支持鼠标键盘和手柄操作，支持Steam成就系统，同时还拥有更高的分辨率。